Покушение на мэра Харькова было совершено в 11:45 по местному времени 28 апреля на Белгородском шоссе, примерно в полутора километрах от поселка Пятихатки. Кернес совершал там пробежку (по другим данным, традиционную велосипедную прогулку). Неизвестный выстрелил ему в спину, предположительно, из снайперской винтовки Драгунова (оружие пока не нашли), после чего скрылся. Стрельба, по словам очевидцев, велась из леса неподалеку от шоссе. Охранники Кернеса присутствовали на месте происшествия, однако ничего сделать не смогли. В бессознательном состоянии мэра доставили в Харьковскую больницу скорой и неотложной помощи им. А. И. Мещанинова, где он был прооперирован.

«Ранение тяжелое. Пробито легкое… и печень навылет», — написал заместитель Кернеса Юрий Сапронов на своей странице в Facebook. Глава Национальной телекомпании Украины Зураб Аласания, в свою очередь, сообщил, что у мэра Харькова прострелен позвоночник.

Операция длилась около двух часов. По словам проводившего ее хирурга Валерия Бойко, угроза жизни мэра будет сохраняться несколько дней.

Журналист из Харькова Аркадий Генкин в эфире «Коммерсантъ FM»предположил, что стрелять в Кернеса мог некий «психически неуравновешенный товарищ». «При заказном убийстве, на мой взгляд, киллеры действуют более решительно и более жестко. Тут один выстрел, причем в район поясницы», — пояснил он. В то же время, по информации кандидата в президенты от Партии регионов и соратника Кернеса Михаила Добкина, на месте происшествия была найдена граната с выдернутой чекой, которая не разорвалась. Следовательно, преступник основательно подготовился к покушению. «Если бы я знал, кто это сделал, я бы не стоял сейчас здесь, а держал руки на горле этого человека», — заявил Добкин.

По мнению экспертов, Кернес, который ранее был одним из яростных противников «Евромайдана», а спустя несколько месяцев после его победы резко изменил свои политические взгляды, сыграл в этом не последнюю роль. Он публично открестился от президента Виктора Януковича в конце февраля, когда в Харькове должен был состояться съезд депутатов юга и востока Украины. Ожидалось, что на нем юго-восточные регионы страны объявят об автономии, однако этого не произошло. Более того, Кернес с Добкиным тогда ненадолго выехали за границу (ряд СМИ утверждал, что они были в России, сам Кернес говорил, что ездил в Женеву), а по возвращении мэр Харькова заявил, что Янукович — «это история», и что он готов работать с и.о. президента Александром Турчиновым.

Как отмечает депутат Верховной Рады харьковчанка Инна Богословская, именно столь резкая смена взглядов могла стать поводом для покушения. «Изменения в Харькове случились в последние две недели: пророссийская организация “Оплот”, которой руководил и которую ранее поддерживал Кернес, существенно ослабла, и харьковские элиты стали говорить, мол, Кернес занял другую сторону», — заявила она «Вестям». В пользу этой версии, по мнению Богословской, говорит и то, что харьковский мэр восстановил контакты с днепропетровским губернатором Игорем Коломойским (чью вотчину протесты обошли стороной). Заместитель Коломойского бизнесмен Борис Филатов ранее утверждал, что мэр Харькова обращался к ним за советами, как стабилизировать ситуацию в регионе и не допустить развития событий по сценарию Донецкой и Луганской областей.

В том, что покушение связано с политической деятельностью Кернеса, уверен и советник и.о. президента бывший глава МВД Юрий Луценко. Более того, он возложил ответственность за произошедшее на Кремль. «Выстрел в Кернеса является первым среди запланированных терактов против непокорных Москве лидеров общественного мнения. Черные метки уже получили и другие лица, символизирующие украинский экономический национализм в регионе», — заявил политик.

Бывший соратник Кернеса по Партии регионов Олег Царев, напротив, отмечает, что у харьковского мэра «было много проблем по бизнесу и много споров по собственности», поэтому однозначно говорить о политическом характере преступления нельзя. Об этом же «Коммерсанту» заявил депутат Верховной Рады от фракции «Батькивщина» Геннадий Москаль. «Кернес всю жизнь вращался в криминальных кругах. Если бы стреляли в какого-нибудь харьковского профессора, это вызвало бы шок у украинцев. А Геннадий Кернес, учитывая его послужной список, и так слишком долго прожил», — отметил он.

Обвинения в связях с преступным миром преследуют мэра Харькова не первый год. Некоторые харьковчане, например, утверждают, что свое прозвище Гепа тот получил в молодости в криминальных кругах. На Украине также широко известен факт, что в 1992 году Кернес был судим за мошенничество и перепродажу краденого (информация об этом периоде в его официальной биографии отсутствует).

Собственно, разногласия тянутся уже не первый год — тот же Луценко в бытность свою главой МВД обвинял Кернеса во взяточничестве. Тот все обвинения отвергал, требовал извинений и компенсации. Куда глубже конфликт между Кернесом и Арсеном Аваковым — нынешним главой МВД. По утверждению мэра Харькова, Аваков испытывает к нему стойкую неприязнь еще с середины 2000-х, когда нынешний министр состоял в «Нашей Украине» и возглавлял Харьковскую область.

Кернес, некогда стоявший на сцене «оранжевого» майдана, тогда сменил лагерь и поддержал на выборах мэра Харькова «бело-голубого» (цвета Партии регионов) Михаила Добкина, с которым они противостояли Авакову вплоть до его отставки. В одном из интервью Кернес заявил, что Аваков мог быть причастен к покушению на него, осуществленному 13 января 2007 года. Тогда возле гостиницы «Националь», на крыльце которой стояли Кернес и Добкин, произошел взрыв. По информации пресс-службы горсовета, там сработало радиоуправляемое устройство, начиненное металлическими шариками и обрезками арматуры, которое было закреплено на ели возле входа. Никто в результате взрыва не пострадал. В организации покушения обвинили бывшего депутата Московского райсовета Харькова Олега Медведева. Апелляционный суд Харьковской области приговорил его к десяти годам лишения свободы, правда, через два года — когда главой МВД стал Юрий Луценко — Медведев был освобожден.

О сохранении неприязненных отношений может свидетельствовать и то, что после назначения Авакова на должность министра внутренних дел на Кернеса завели дело сразу по нескольким статьям: «Незаконное лишение свободы или похищение человека», «Пытки» и «Угроза убийством». Как позднее пояснили в прокуратуре, преступления, инкриминируемые харьковскому мэру, связаны с одной из бандитских группировок, которая занималась избиением и похищением людей во время протестов сторонников евроинтеграции.

За последние десять лет на жизнь и здоровье Кернеса покушались неоднократно — злоумышленники взрывали его автомобили, закладывали взрывчатку напротив здания горсовета, пытались облить чиновника зеленкой, однако все эти акции носили, скорее, характер устрашения. После нынешнего покушения мэр Харькова, похоже, вряд ли сможет скоро оправиться. Эксперты сейчас спорят, чем это грозит Харькову, где Кернес, несмотря на неоднозначное отношение к нему как в самом городе, так и в Киеве, был своего рода гарантом стабильности. Уже известно, что, пока мэр находится на лечении, его обязанности будет исполнять секретарь городского совета Александр Новак.